子宫内膜异位症发生出现在卵巢，起初只是点状，逐渐「聚沙成塔」，形成子宫内膜异位瘤。

　　 由于会随着月经而和正常的子宫内膜一样的出血，瘤会越来越大，裡面充满了巧克力色黏稠状的月经血，因此有另一名称为「巧克力囊肿」，也有人乾脆称之为「月经瘤」。

　　由于晚婚迟育的趋势，加上有些人合併子宫颈口狭窄、子宫后屈、经血不易排出，便逆流向输卵管，进入腹腔，附着在最低的位置，亦即子宫和直肠间的子宫直肠凹陷，有些则附在卵巢上，这是最常见的内膜异位处。

　　其他也有在子宫和膀胱之间的腹膜上，或其他的腹壁上，甚至也有异位到子宫颈、阴道，乃至远处的肺部、鼻腔，不过极为少见，但这些地方的异位，就无法以经血逆流解释其成因了。

　　子宫内膜异位形成巧克力囊肿之后，起初由于仅有一两公分大，在超音波下，不易与正常状况即会存在的卵泡或黄体区别，有时需藉抽血检查一种叫做CA-125的抗原，才能诊断出来。不过囊肿逐渐变大后，可以看出裡面充满经血。

　　巧克力囊肿往往黏在骨盆腔壁上，造成严重的粘连，手术摘除后，如未能怀孕，则复发率高。因此，如果已完成生育任务，正本清源之道，是同时切除子宫，断了内膜的「货源」，才不会「毒害」卵巢及其他骨盆腔器官。

　　基本上，子宫内膜异位是一种良性疾病，不是癌症，但它却如癌症般的「恶性作风」，因为：

内膜异位细胞随「经」逐流，流到哪裡就留在哪裡；长在哪裡和癌细胞一样会「转移」。

内膜异位细胞一旦长入器官表面，就会开始吸引新生血管，由此横向成长及垂直向表皮内部穿透，和癌细胞一样具有「侵袭能力」。当它长在卵巢上面时，会形成巧克力囊肿，亦即它本身日益壮大时，剩馀的正常卵巢组织大都会日益减少。

只要还有月经周期，内膜异位很容易在治疗之后又复发，这点也和癌细胞一样，简直是「打不死的蟑螂」。

有少部分的病例日后变成卵巢癌。
　　临床上的确有许多医学文献提及内膜异位症併发癌症细胞存在的情形，约佔所有内膜异位病例的0.7%~0.8%，最多见的还是卵巢内膜异位瘤中发现癌细胞，而穿透大小肠内部的内膜异位病灶癌化次之，其他位置的恶化反应则非常少见。当然，这也因为其他位置本来就很少有内膜异位。

　　内膜异位症的确与几种特定的卵巢癌有关係，且其组织型态也有连续性；子宫内膜状癌（Endometri-oid Carcinoma）与亮细胞癌（Clear cell carcinoma）是最常见的，许多病理组织中还可见到变性内膜细胞由正常延伸到癌症组织的证据，关连性的确存在，内膜异位症的组织侵犯性特质，也让我们不得不相信内膜异位组织的确有转化为癌症的潜能。

　　因此，虽然子宫内膜异位症或巧克力囊肿是良性疾病，但手术后也要定期追踪，以免变成卵巢癌或腹膜癌，可就麻烦了。